本学科针对传统轻工行业绿色转型和现代生物产业发展的特殊需求，围绕天然产物生物转化、发酵食品绿色酿造、绿色制浆与低碳造纸技术、生物质转化与化学修饰过程控制及微藻高效综合利用、分子靶向药物设计与新型蛋白（多肽）药物及小分子药物研发等方面开展研究，形成了发酵工程、制浆造纸工程、生物质化学与工程、蛋白质工程等四个稳定的学科方向。在鬼臼毒素生物转化、特种纸绿色研发、高耐性酵母高效制造、白酒机械化与智能化特色酿造等方面优势明显、特色鲜明；与安琪酵母、劲酒集团、东阳光、新华扬、广济药业、晨鸣纸业等企业建立了紧密的产学研合作关系，近5年，获国家奖1项、省级一等奖4项，发酵工程教育部重点实验室2016年被评估为优秀，学科整体实力居华中地区领先水平。