阜阳市医药科技工程学校始建于1964年，先后举办安徽省旧县农技校、太和五七干校、太和五七大学、太和师范、太和旧县高中、太和农中、太和县第一职业高级中学，2015年6月被阜阳市人民政府批准改制为公办全日制普通中专学校。1993年被评为阜阳地区重点职业高中，1995年被评为安徽省重点职业高中，2005年被评为安徽省示范中等职业学校，2008年通过安徽省示范中等职业学校复评，2020年4月被安徽省教育厅列入省级示范特色中等职业学校重点建设学校。系安徽省现代农业职教集团理事单位、阜阳职教集团理事单位、安徽大别山职